চেঙ্গিজ খান কর্তৃক মঙ্গোল জাতির আক্রমণের মধ্য দিয়ে বৌদ্ধ ধর্ম আবারো আশার আলো দেখতে পায় এবং ইলখানাত এবং চাগাতাই খানাত নামক মঙ্গোল সাম্রাজ্য প্রতিষ্ঠিত হলে ত্রয়োদশ শতকে এশিয়াতে বৌদ্ধ ধর্মের প্রভাব বাড়তে থাকে। কিন্তু ১০০ বছরের মধ্যে উক্ত বৌদ্ধ মঙ্গোল সাম্রাজ্যের অধিপতিরা ইসলাম ধর্মে দীক্ষিত হয় এবং ইসলাম গ্রহণ করার পর থেকে তারা এশিয়া জুড়ে তাদের রাজ্যগুলোতে ইসলাম ধর্ম প্রচার করতে থাকে। শুধুমাত্র পশ্চিমের মঙ্গোলরা এবং ইয়ুয়ান রাজবংশ লোকেরা তাদের বৌদ্ধ ধর্মের বজ্রযান শাখা অরক্ষিত রাখে।